seqgra.evaluator package

seqgra evaluator hierarchy

Classes:

• Evaluator: abstract base class for all evaluators

• FeatureImportanceEvaluator: abstract class for feature importance evaluators

• MetricsEvaluator: metrics evaluator

• PredictEvaluator: predict evaluator

• PREvaluator: PR curve evaluator

• ROCEvaluator: ROC curve evaluator

• SISEvaluator: SIS feature importance evaluator

Subpackages

• seqgra.evaluator.explainer namespace
  • Subpackages
    • seqgra.evaluator.explainer.real_time package
      • Submodules
        • seqgra.evaluator.explainer.real_time.pytorch_fixes module
        • seqgra.evaluator.explainer.real_time.resnet_encoder module
        • seqgra.evaluator.explainer.real_time.saliency_eval module
  • Submodules
    • seqgra.evaluator.explainer.occlusion module
    • seqgra.evaluator.explainer.patterns module
    • seqgra.evaluator.explainer.perturbation module
• seqgra.evaluator.gradientbased package
  • Submodules
    • seqgra.evaluator.gradientbased.abstractdifferencegradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.abstractgradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.contrastiveexcitationbackpropevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.deconvevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.deepliftevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.differencegradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.ebphelper module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.excitationbackpropevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.feedbackevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.gradcamgradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.gradientbasedevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.gradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.gradientxinputevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.guidedbackpropevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.integratedgradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.nonlinearintegratedgradientevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.saliencyevaluator module
    • seqgra.evaluator.gradientbased.smoothgradevaluator module
• seqgra.evaluator.sis package
  • Submodules
    • seqgra.evaluator.sis.sis module

Submodules

• seqgra.evaluator.evaluator module
• seqgra.evaluator.metricsevaluator module
• seqgra.evaluator.predictevaluator module
• seqgra.evaluator.prevaluator module
• seqgra.evaluator.rocevaluator module
• seqgra.evaluator.sisevaluator module